Shinichi Kudo, joven y famoso detective de tan solo 17 años, ha resuelto incontables casos para la policía y se ganó su merecido prestigio. Pero a pesar de ser un detective de renombre en Japón, sigue siendo un chico de secundaria, con su propia vida y sus amistades y un gran, gran talento para jugar al fútbol.
Un día como cualquiera, fue al parque de diversiones con su amiga de la infancia, Ran Mouri, y mientras se divertían en la montaña rusa, ocurrió un asesinato. Nuestro gran Shinichi logró resolver el caso, y momentos más tarde, ve como un hombre muy sospechoso vestido todo de negro se va por uno de los callejones del parque de diversiones, y al despedirse apuradamente de Ran, diciendo que ya volvía, procede a perseguir a este hombre. Después de seguirlo, Shinichi termina presenciando un caso de extorsión hacia un civil por parte del hombre vestido de negro, pero antes de poder hacer algo, otro de los hombres de negro lo knockea y le suministra una droga que supuestamente debía matarlo, y lo dejan ahí, a su suerte.
Para la sorpresa del mismo Shinichi, al despertarse gracias a los ruidos de la policía que se acercaba, se da cuenta que el ya no es más el famoso detective de secundaria de 17 años, sino un chico de primaria de solo 7 años. La droga, en vez de matarlo, lo achicó hasta tener la apariencia que tenía 10 años atrás! Pero su mente sigue siendo igual de perspicaz que antes, un detective adolescente atrapado en el cuerpo de un niño.
Ahora, mientras vive con Ran y su padre (que es un detective privado) bajo la identidad de Conan Edogawa (un nombre que inventó Shinichi fusionando nombres de 2 famosísimos autores de libros), resuelve casos constantemente bajo la sombra del padre de Ran, dándole todo el crédito, mientras intenta averiguar quienes son las personas que lo atacaron, y desenmascarar sus planes malvados de una vez por todas