El protagonista, Tohno Shiki, se vió afectado por un grave accidente en su infancia. Quedó tan malherido que se le daba ya por muerto, pero milagrosaente sobrevivió. Sin embargo, debido a este accidente, Shiki es enviado lejos de la casa Tohno, su hogar, y es asignado a los cuidados de unos parientes lejanos de la familia. Pero Shiki tenía un secreto. Desde el accidente, tiene la capacidad de ver unas líneas en las cosas por las que pueden romperse fácilmente. Si una hoja pasase por esas líneas, las cosas podrían ser fácilmente cortadas. Preocupado por esta capacidad, el joven Shiki recibe unas gafas de una mujer que encuentra (a la que Shiki llama "Profesora"), que impide que pueda ver esas "líneas de la muerte". Gracias a eso, Shiki puede llevar una vida normal hasta ahora. Y el pretendía vivir normalmente a partir de ahora... Pero entonces, Shiki recibe una carta. El cabeza de familia de la casa Tohno, su padre, había muerto. Por orden del nuevo cabeza de familia, debe volver inmediatamente a la casa Tohno. Es cuando Shiki, ahora un estudiante de instituto, vuelve a la casa Tohno cuando comienza la historia.