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Welcome to the N.H.K. gira en torno a las vidas de jóvenes-"adultos" viviendo en la ciudad de Tokio. Muchos de los diferentes estilos de vida que se muestran en la trama se centran en los conceptos hikikomori, anime, otaku, y en las diferentes e intensas experiencias a las que los personajes se enfrentan, como depresión y soledad.

El protagonista principal es Tatsuhiro Sato, un ex-universitario entrando en su 4º año de desempleado. Lleva una vida totalmente reclusiva como hikikomori, donde finalmente llega a la conclusión bizarra en la cual lo que le está pasando tiene que ver con una conspiración. Un día en el que no parecía que nada en su vida fuera a cambiar, conoce a Misaki Nakahara, una misteriosa chica que quiere intentar curar a Tatsuhiro de su problema reclusivo. Misaki se presenta a Tatsuhiro con un contrato, en el que básicamente se explicita que cada día deben encontrarse en el parque por la noche, donde Misaki le leerá libros, propuestas, métodos, etc., a Tatsuhiro para así intentar que desista de su estilo de vida. En estas quedadas, son muchas las materias tratadas, donde la mayoría convergen de alguna manera en la psicología o el psicoanálisis...