Welcome to the N.H.K. gira en torno a las vidas de jóvenes y/o "adultos".
Muchos de los diferentes estilos de vida que se muestran en la trama se centran en los conceptos de "hikikomori, anime, otaku" y en las diferentes e intensas experiencias a las que los personajes se enfrentan, como depresión y soledad.

El protagonista principal es Tatsuhiro Satō, un ex-universitario entrando en su 4º año de desempleado.
Lleva una vida totalmente reclusiva como hikikomori, donde finalmente llega a la conclusión bizarra de que lo que le está pasando tiene que ver con una conspiración.

Un día en el que no parecía que nada en su vida fuera a cambiar, conoce a Misaki Nakahara, una misteriosa chica que quiere intentar curarlo de su problema reclusivo.
Misaki se presenta a Tatsuhiro con un contrato, en el que básicamente se explicita que cada día deben encontrarse en el parque por la tarde-noche, donde Misaki le leerá libros, propuestas, métodos, etc.,
a Tatsuhiro para así intentar que desista de su estilo de vida.
La mayoría de las materias tratadas convergen de alguna manera en la psicología o el psicoanálisis.
Es aquí donde la trama empieza a desenvolverse para evolucionar a través de la historia.

Ambos, sin embargo, tienen la tendencia de sobreactuar, donde toman vital importancia las mentiras para esconder la verdad de uno o unos a otros.
A pesar de que la oferta de Misaki tiene una visión "esperanzadora" sobre Tatsuhiro, es su propio vecino y amigo de la secundaria superior, Kaoru Yamazaki, a quien Tatsuhiro acude en momentos de necesidad y apoyo.
Aunque también, a pesar de su propia idiosincrasia, Yamazaki es uno de los personajes más estables de la historia.

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