Fate/stay night cuenta las vivencias de Shirō Emiya durante dos semanas, un estudiante que asiste a la escuela Homurabara Gakuen en la Ciudad Fuyuki. Hace diez años, Shirō queda atrapado en un enorme incendio que incinera a su familia y consume una gran porción de la ciudad; cuando Shirō se da por vencido y acepta su propia muerte un enigmático hombre lo encuentra agonizando y lo ayuda. Este hombre, Kiritsugi Emiya, adopta a Shirō, y con el paso del tiempo, revela su identidad como Mago a Shirō. Kiritsugu también cuenta a Shirō su fallido sueño de convertirse en "Héroe de la Justicia", un guardián de la humanidad que podría salvar cualquier vida en peligro. Por petición de Shirō, Kiritsugu intenta enseñar a su hijo magia, pero se descubre que Shirō no tiene talento para la mayoría de los hechizos fundamentales. Cuando Kiritsugu muere, Shirō dedica su vida y su magia a cumplir el sueño de Kiritsugi.

Shirō desconoce que la Ciudad Fuyuki es el escenario de la violenta y secreta guerra entre siete magos. Durante los últimos dos siglos siete magos elegidos han entrado en combate a muerte en una batalla para obtener el Santo Grial, un cáliz legendario capaz de conceder cualquier deseo. Las últimas cuatro Guerras del Santo Grial han ocurrido cada sesenta años, la más reciente habiendo acabado hace diez años, pero la quinta guerra comienza prematuramente.

Una noche, después de limpiar el dojo de arquería de la escuela, Shirō descubre a dos sirvientes, Archer y Lancer, peleando en el patio. Para evitar exponer el hecho de la existencia de la guerra, Lancer persigue y mata a Shirō. Por una razón desconocida, una compañera de clase de Shirō, Rin Tōsaka, usa un colgante mágico cargado de maná (魔力 Maryoku) concentrado para revivirlo. Herido y confundido, Shirō regresa a su casa, pero es, de nuevo, atacado por Lancer. Shirō débilmente intenta defenderse pero es sobrepasado en poder por el sirviente y cae en el sótano. Arrinconado, Shirō se prepara para lo peor, sin embargo, antes de que Lancer pueda darle el golpe de gracia, una joven vestida con una armadura de guerrero lo ahuyenta. Se presenta ante Shirō como Saber, y lo saluda con las palabras:
"Te pregunto, ¿Eres tú mi maestro?"

01 – El día del comienzo
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02 – La noche del destino
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03 – Se levanta el telón
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04 – El más poderoso enemigo
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05 – Los dos Magos – Primera Parte
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06 – Los dos Magos – Segunda Parte
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07 – Movimientos en las sombras
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08 – Melodía discordante
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09 – Gallard?a bajo la Luna
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10 – Intermedio Pacífico
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11 – Barrera de sangre Andr?meda
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12 – Rasgando los cielos
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13 – El castillo invernal
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14 – Donde terminan los ideales
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15 – La mano de Dios . Los doce trabajos
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16 – La espada que trae la victoria prometida
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17 – La Estigma de la hechicera
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18 – La Batalla decisiva
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19 – El Rey Dorado
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20 – Tras el lejano sueño
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21 – La separación del Cielo y la Tierra y la Creación de una Estrella
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22 – Al final de los deseos
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23 – El Santo Grial
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24 – La Muy Lejana Utopía
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